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《第二軍醫大學學報雜志社》為月刊，A4開本，80g銅版紙彩色雙膠印刷。國內統一刊號：CN31-1001/R,國際標準刊號：ISSN0258-879X。國內郵發代號：4-373，國外代號：M3852。
《第二軍醫大學學報雜志社》面向全國和海外作者征稿，主要報道基礎、臨床、預防、軍事醫學、藥學和中國醫學等領域的最新科研成果。由著名肝膽外科專家、國家最高科技獎獲得者吳孟超教授任主編。
《第二軍醫大學學報雜志社》主要欄目辟有：院士論壇、專家論壇、專題報道、論著、研究快報、臨床病理(例)討論、病例報告等欄目。
《第二軍醫大學學報雜志社》讀者對象主要為從事醫藥衛生工作的中高級科研、醫療、教學、預防機構人員和高等醫藥學院校的師生。
《第二軍醫大學學報雜志社》一直被《中文核心期刊要目總覽》確認為“中國綜合性醫藥衛生類核心期刊”;是“中國科學引文數據庫統計源期刊”、“中國學術期刊綜合評價數據庫統計源期刊”;被包括中國學術期刊綜合評價數據庫、萬方數據——中國數字化期刊群等在內的國內所有重要檢索系統收錄，并被荷蘭《醫學文摘》(EMBASE)、美國《化學文摘》(CA)、英國國際農業與生物科學中心(CABI)文摘數據庫、俄羅斯《文摘雜志》(РЖ)、波蘭《哥白尼索引》等國際檢索系統收錄。
《第二軍醫大學學報雜志社》自1980年以來，《第二軍醫大學學報》先后多次獲全國、全軍、教育部和省、市優秀科技期刊評比一、二等獎。2002年獲得“第二屆國家期刊獎百種重點期刊獎”、2005年獲得“第三屆國家期刊獎提名獎”，2006年獲“首屆全國高校精品科技期刊獎”和全國高校優秀科技期刊評比一等獎、2008年被評為首批“中國精品科技期刊”，并榮獲第二屆中國高校精品科技期刊獎。
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