《南京大學學報》創刊于1955年，是年共出版1期，為文、理科綜合版。自1956年起，分人文科學版和自然科學版出版。此后，人文科學版（1973年改為哲學社會科學版，1987年改為哲學·人文科學·社會科學版）每年出版一卷，期間，1960－1961、1966－1972曾兩度休刊，1975年經教育部批準公開發行，2000年起改為雙月刊，至2002年共出版39卷。